Fysiologian ja genetiikan linjan tutkielma-aiheita

 

Pro gradu –tutkielma tehdään opiskelijan valitsemalta erikoistumisalalta. Biologian laitoksella tehtävät pro gradu –tutkielmat tehdään usein tutkimusryhmien tai tutkijoiden projekteissa. Alla on listattu fysiologian ja genetiikan linjalla tarjolla olevia tutkielmien aiheita sekä muiden soveltuvien tahojen tarjoamia projekteja. Samasta aihealueesta tehtävä tutkielma voi sopia useallekin erikoistumisalalle riippuen näkökulmasta ja käytetystä metodologiasta. Aiheen soveltumisesta tietylle erikoistumisalalle kannattaa keskustella työn ohjaajan ja alan vastuuprofessorin kanssa. Opiskelija voi myös itsenäisesti ehdottaa oman kiinnostuksensa mukaista tutkielma-aihetta.

 

ELÄINFYSIOLOGIA

  • Öljyn hajoaminen Itämerellä
    Erilaisten öljypäästöjen riski Itämeressä on suuri ja edelleen kohoamassa. Tämän vuoksi on tärkeää arvioida meren luontaista kykyä hajottaa öljy-yhdisteitä ja sitä miten tätä luontaista kykyä voitaisiin hyödyntää tai parantaa öljyvahingon sattuessa. Tehtävässä tutkielmassa selvitetään, mm. onko meren pinnan mikrokerroksella erityinen rooli öljyn hajoamisessa ja siirtymisessä eteenpäin veden ravintoketjussa ja millä keinoilla öljyn biohajoamista meressä voisi tehostaa. Täsmällinen aihe ja kysymyksenasettelu muotoutuu opiskelijan kiinnostuksen mukaan (käytännön ohjaus Piia Leskinen, Anna Lindroos).
    Mikko Nikinmaa
  • Saasteiden vaikutus oksidatiiviseen stressiin kirjosiepolla, sini- ja talitiaisella
    Oksidatiivinen stressi käsitteenä tarkoittaa sitä, että eläimen solujen ja ruumiinnesteiden hapetus-pelkistystasapaino pyrkii muuttumaan optimitilastaan hapettuneeseen suuntaan. Useiden kemikaalien aiheuttamat ympäristöhaitat näyttävät perustuvan niiden aiheuttamaan oksidatiiviseen stressiin. Tällä tavoin voivat vaikuttaa mm. metallit, joiden ioneilla voi olla useita valensseja (esim. kupari ja rauta). Tehtävässä pro gradu työssä selvitetään, onko Harjavallan kuparisulattamon lähialueilla elävillä linnuilla erityisen paljon oksidatiivista stressiä. Tutkimuksen päämääränä on saada kokonaisvaltainen kuva lintujen oksidatiivisesta stressistä, minkä takia näytteistä mitataan laaja valikoima eri muuttujia, mm. GSH/GSSG-suhde, katalaasin ja glutationireduktaasin aktiivisuus (käytännön ohjaus Mirella Kanerva).
    Mikko Nikinmaa
  • Eri lintulajien AhR-riippuvan ja hapetus-pelkistystasapainosta  riippuvan aineenvaihdunnan säätely
    Sekä AhR:stä riippuvaan metaboliaan että oksidatiiviseen stressiin liittyviä muuttujia käytetään paljon lintujenkin toksikologisessa tutkimuksessa. Toistaiseksi kuitenkin tunnetaan huonosti ne luontaiset tekijät ja yhdisteet, jotka mm. ravinnossa toimivat AhR-riippuvan tai hapetus-pelkistystasapainoon vaikuttavan aineenvaihdunnan säätelijöinä. Tästä huolimatta eroja esim. muuttavien hyönteissyöjien ja siemeniä syövien paikkalintujen välillä on käytetty osoittamaan ympäristön pilaantumista. Jotta eri lintulajien ravinnon ja muuttoaktiivisuuden merkitys saataisiin kartoitetuksi, mittaa tuleva tutkielman tekijä oksidatiivista stressiä kuvaavia (GSH/GSSG-suhde, katalaasin ja glutationireduktaasin aktiivisuus ym.) ja AhR riippuvaa reittiä kuvaavia (EROD aktiivisuus) suureita siemeniä ja hyönteisiä syöviltä sekä paikka- ja muuttolinnuilta (käytännön ohjaus Mirella Kanerva).
    Mikko Nikinmaa
  • Itämeren lohen oksidatiivinen stressi
    Aiempien tulostemme perusteella näyttää todennäköiseltä, että Itämeren lohien lisääntymishäiriöt (ns. M74-oireyhtymä) aiheutuu suurelta osin emojen syönnösvaelluksen aikaisista tekijöistä, erityisesti niiden kokemasta oksidatiivisesta stressistä. Jotta oksidatiivisten stressien esiintymisen geneettinen ja alueellinen tausta pystytään kattavasti selvittämään, mittauksia sen vaihtelusta eri Itämeren osien syönnöslohipopulaatioissa on tehtävä ajan funktiona. Tuleva tutkielman tekijä osallistuu tähän työhön mittaamalla oksidatiiviseen stressiin ja vierasaineiden käsittelyyn osallistuvia suureita tänä talvena kerättävien lohien maksanäytteistä ja vertaamalla tuloksia aikaisempien vuosien aineistoon (käytännön ohjaus Kristiina Vuori).
    Mikko Nikinmaa
  • Happipitoisuuden laskun keskushermosto- ja sydänvaikutusten evoluutio selkärankaisilla
    Riittävä hapensaanti on eläimille välttämätöntä. Alhaisessa happipitoisuudessa ilmenevien ja hiljentyvien geenien tärkein säätelijä on vähähappisuuden indusoima tekijä (hypoxia inducible factor; HIF). Täten ympäristömuutoksen vaikutus välittyy pääosin genomissa tapahtuvan transkription säätelyn kautta. Parhaillaan tutkimme, miten aivojen ja sydämen aineenvaihduntaa vähähappisessa ympäristössä säätelevä adenosiiniviestintä toimii vähähappisia oloja suhteellisen hyvin sietävällä trooppisella hailla.Tulevalle gradulaiselle on jo valmiina kattavat kudos- ja cDNA-kokoelmat. Käytettäviä menetelmiä ovat ainakin PCR, quantitative PCR ja erilaiset bioinformaattiset analyysit (käytännön ohjaus Kalle Rytkönen).
    Mikko Nikinmaa
  • Piikkikalojen hapenkulutuksen populaatioiden ja yksilöiden välinen vaihtelu ja sen periytyvyys
    Fysiologisten muuttujien käyttöä ekologisessa ja evoluutiobiologisessa työssä on rajoittanut ennen kaikkea se, että mittauksissa ei ole tähän asti useinkaan pyritty selvittämään yksilöiden menestykselle tärkeiden tekijöiden yksilöiden ja populaatioiden välistä vaihtelua ja sen periytyvyyttä.  Tämän epäkohdan poistamiseksi olemme kehittäneet piikkikalojen hapenkulutuksen mittausmenetelmää perinteistä suurempien näytemäärien mittaamisen mahdollistamiseksi. Tuleva tutkielman tekijä käyttää mittausmenetelmää selvittäessään, miten vakiokokoisen piikkikalan hapenkulutus riippuu sen aiemmasta populaatio- ja perhehistoriasta (käytännön ohjaus Wolfgang Waser).
    Mikko Nikinmaa
  • Pim-kinaasien fysiologiset vaikutukset
    Tarjolla on solu- ja molekyylibiologista, geneettistä ja/tai eläinfysiologista tutkimustyötä, jonka tavoitteena on mm. selvittää:
    a) minkälaisilla mekanismeilla onkogeeniset Pim-kinaasit säätelevät tuman transkriptiotekijöiden aktiivisuutta
    b) miten ne suojaavat veri- tai hermosoluja apoptoottiselta kuolemalta
    c) miten ne helpottavat lymfaattisten tai hormonaalisten kasvainten kehittymistä
    d) miten ne vaikuttavat sukkulamatojen aistinvaraiseen viestintään
    Lisää tietoa näistä dosentti Päivi Koskisen tutkimusryhmän projekteista löytyy osoitteessa http://www.sci.utu.fi/biologia/tutkimus/projektit/genfys/paivi_koskinen/index.html
    Yhteystiedot:  paivi.koskinen(at)utu.fi

 

GENETIIKKA

  • Understanding the molecular genetic basis of adaptation and speciation and applications in conservation and management
    Craig Primmer (craig.primmer@utu.fi)
    Research in Professor Craig Primmer's group aims to understand the genetic processes underlying adaptation and speciation in free-living populations and species. An additional aim is to use the obtained knowledge as the basis for developing conservation and management guidelines which can be applied in a wide range of endangered and exploited populations and species. Studies can be grouped into three related themes:
         * Population genetics
         * Ecological and evolutionary genomics
         * Evolutionary applications
    Our genetic research focuses on several study species and systems covering a range of ecosystems and geographic scales, including European grayling (harjus), Atlantic salmon (lohi), Arctic charr (nieriä), and Ficedula flycatchers (kirjosieppo).
    We are always looking for enthusiastic students who are interested in accepting the challenge of applying advanced molecular methodologies to address research questions of ecological, evolutionary and conservation interest. Some projects include both field- and lab-work, while others are entirely lab based. Students following the evolutionary biology specialisation normally have the right background knowledge, but also students from other specializations are often suitable.
    Details about the projects in Professor Primmer’s research group can be found from: http://www.sci.utu.fi/biologia/tutkimus/projektit/genfys/PnP/Index.html
  • Tenojoen lohikalojen biologia
    FT Juha-Pekka Vähä- juha-pekka.vaha@utu.fi , http://users.utu.fi/jpvaha/
    1) Millainen on meritaimenen elinkierto? Onko Tenojoen meritaimenkanta jakautunut ala-populaatioihin? Onko tammukkaa olemassa? Taimenen elinkierto Tenojoessa on yhä mysteeri.
    2) Teorian mukaan kilpailu lisääntymiskumppaneista on yksi merkittävimmistä tekijöista migraation evoluutiolle ja pariutumisjärjestelmät johtavat sukupuolen välisiin eroihin migraatiossa. Miten Tenojoen lohet hoitavat hommansa?Lohet leimautuvat syntymäjokeensa poikasvaiheessa. Poikasvaiheen jälkeen seuraa 1-4 vuoden mittainen merivaellus. Palatessaan kutujokeensa, eksyvätkö usean merivuoden lohet helpommin vieraisiin jokiin, koska ovat ’unohtaneet’ kotijokensa kutsuvan tuoksun?
    Vastauksia kysymyksiin haetaan hyödyntämällä mikrosatelliitti merkkigeenejä ja populaatiogenetiikan teorioita.
  • Lehtisammalten rakenteelliseen evoluutioon ja lajiutumiseen vaikuttavat evolutiiviset tekijät: fylogeneettinen lähestymistapa
    Sanna Huttunen (shuttu@utu.fi)
    Selvitän tutkimushankkeessa lehtisammalten rakenteelliseen evolutioon ja lajiutumiseen vaikuttavia evolutiivisia tekijöitä fylogeneettisestä näkökulmasta. Lehtisammalet edustavat yhtä vanhimmista maakasvien evoluutiolinjoista ja niihin kuuluu noin 13 000 sekä maalla että makeissa vesissä kasvavaa lajia. Käytän DNA sekvenssiaineistoon perustuvia evolutiivisia puita rakenteellisten ominaisuuksien ja kasvupaikkaekologian evoluution tutkimisessa ja pyrin näin selvittämään muutoksen aiheuttamia evolutiivisia prosesseja. Tällä hetkellä olen keskittynyt mm. epifyyttisten ja akvaattisten sammalten rakenteellisten erityispiirteiden evoluution. Rakenteellisten ominaisuuksien fenotyyppisen joustavuuden selvittämiseksi teen lisäksi kasvatuskokeita esimerkiksi eteläsuomalaisissakin virtavesissä tavattavalla ahdinsammaleella (Platyhypnidium riparioides). Lehtisammalten rakenteellisen evoluution muutosnopeutta tutkin mm. amerikkalaisten kutrisammallajeista (Homalothecium) keräämäni aineiston avulla. Tutkimuksessa käytetään etupäässä molekyylisystematiikan menetelmiä mutta rakenteellisen tiedon kerääminen tapahtuu mikroskoopin avulla itse luonnosta kerättyä että herbaarionäytteitä tutkimalla.
  • Täpläperhosten molekyylisystematiikkaa
    Niklas Wahlberg (niklas.wahlberg@utu.fi), http://nymphalidae.utu.fi/
    NSG tutkimusryhmässä pyrimme ymmärtämään evoluutiiviset prosessit, jotka ovat liitoksissa luonnon monimuotoisuuden kasvuun läpi aikojen. Käytämme malliryhmänämme täpläperhosten heimoa Nymphalidae, joka on erinomainen ryhmä evolutiivisiin tutkimuksiin. Nymphalidae-heimon noin 6000 lajia ovat levittäytynyt epätasaisesti sekä maapallolla, että evolutiivisissa linjoissa, joka mahdollistaa eri lajiryhmien vertailua evoluutiohistorian yhtäläisyyksien ja eroavaisuuksien löytämiseksi. Monien lajien ekologia on myös hyvin tunnettu, toisin kuin monissa selkärangattomien ryhmissä. NSG-ryhmässä käytämme molekyylisystematiikan menetelmiä tutkiaksemme linjojen monimuotoistumista, etupäässä analysoimalla sekvenssitietoa useilta nukleariselta proteinia-koodaavilta geenialueilta. DNA sekvenssitiedon perusteella pystymme nykyään arvioimaan luotettavasti milloin linjojen eriytymiset ovat tapahtuneet noin 100 miljoonan vuoden aikana. Graduaiheita on monia mahdollisia eri aikaskaalassa, lähtien viimeisten jääkausien vaikutuksista lajien sisäiseen geneettiseen vaihteluun, aina suurten sukupuuttoaaltojen vaikutuksista perhosten lajiutumistahtiin. NSG:n tietokanta ja Nymphalidae-näytekokoelma on kattavin koko maailmassa ja Turussa on ainutlaatuinen tilaisuus tehdä mullistavaa tutkimusta täpläperhosten molekyylisystematiikan parissa.
  • Kasveihin siirrettyjen geenien evolutiiviset seuraukset luonnossa
    Irma Saloniemi (irma.saloniemi@utu.fi)
    Viljelykasveihin ja puihin on siirretty lähinnä herbisidi- tai hyönteisresistenssiä lisääviä geenejä, jotka ovat sopivissa olosuhteissa edullisia myös luonnon- ja rikkakasveille. Projekti tutkii siirtogeenisten kasvien, tai niiden ja luonnonkasvien risteymien evoluutiota lähinnä lituruoholla, kauralla ja koivulla. Tarkastelemme siirretyn geenin suoria ja epäsuoria vaikutuksia ekologisesti tärkeissä ominaisuuksissa sekä kvantitatiivisin genetiikan menetelmin että genomitasolla. Evolutiivisen ja luonnonsuojelullisen perustutkimuksen ohella pyrimme tuottamaan soveltavaa tietoa agroekologian tarpeisiin.
  • Four pro-gradu projects:

    1. Application of next-generation sequencing technology for analyses of adaptation and natural selection in sticklebacks

Short introduction. Massively parallel sequencing technologies have revolutionized the field of genomics within the last few years. As a result, rapid characterization of large proportion of transcribed genes and identification of thousands of polymorphisms is possible for virtually any organism of interest, including some of the extinct species. However, for identification of the genomic regions that affect phenotypic variation or have been influenced by directional selection, subsequent screening efforts following initial polymorphism discovery are usually necessary. Such work traditionally involves development of genotyping assays and analyzes of large number of individuals originating from different target crosses or populations which is both time-consuming and expensive. Proposed project utilizes massively parallel sequencing technology, for a first time ever, to identify footprints of selection in a hitchhiking mapping framework. The innovative nature and wide applicability of the approach has the potential to revolutionize genotyping of unknown genomes, thus making the project innovative, timely and interesting.

Aim of the project. To identify genomic regions affected by natural selection in threespine (Gasterosteus aculeatus) and nine-spine stickleback (Pungitius pungitius) by utilizing next-generation sequencing technologies for identification of footprints of selection.

Acquired bioinformatic/molecular/statistical methods. The project is suitable for a student with deep interest in new technologies, bioinformatics and genomics. The first part of the project includes analyses of next-generation sequencing data consisting of millions of short sequence reads (alignment to the reference genome, de novo assembly, polymorphism discovery). The second part of the project involves identification of the footprints of selection from the estimated allele frequency data and subsequent laboratory validation steps, including development of SNP assays for selected candidate genes affected by selection. This project provides hands-on experience to very powerful novel technology that will be increasingly applied in various fields in the future.

2. Common garden experiment in wild to test the hypothesis of local adaptation in Atlantic salmon

Short introduction. Salmonid fishes are believed to be highly adapted to their local environment and large amount of indirect evidence exist that supports the local adaptation hypothesis. However, only very few studies have directly compared the survival and fitness of different salmon populations in natural conditions (e.g. McGinnity et al. 2004). Here, we take advantage on experimental work carried out earlier in natural river environments in Atlantic salmon (Salmo salar) to test the 'local vs foreign' criterion according to Kawecki and Ebert (2004).

Aim of the project. Current project aims to test the local adaptation hypothesis in ‘common garden’ natural river environment by comparing the survival and growth of juveniles originating from the wild and hatchery population.

Acquired experience and molecular/statistical methods. The project is very suitable for a student interested in ecology of salmonid fishes and application of molecular genetic methods to answer long-standing questions in Atlantic salmon biology. The student has opportunity to participate fieldwork during spring-summer 2009. The first part of the project consists of molecular genetic analyses of microsatellite and insertion/deletion markers. The second part of analyses consists of parentage testing of individual fish to identify the population of origin.

3. Comparative QTL mapping of fitness related traits in Atlantic salmon in two contrasting environments

Short introduction. Identification of the genes and polymorphisms that affect fitness in natural environment has been one of the most exciting areas of research in the field of Ecological Genomics during the recent years (Ellegren & Sheldon 2008, Nature Genetic Reviews). Recent studies on this theme have mostly relying on analyses of limited number of candidate genes with known phenotypic effects (Barrett et al. 2008, Science) while only small number of studies have taken the whole-genome approach to study the genetic basis of fitness related traits in natural environment (e.g. Beraldi et al. 2006, Genetics). Here, we take advantage on experimental work carried out earlier in both natural and controlled hatchery environments in Atlantic salmon (Salmo salar) to characterize genotype–phenotype relationships and their environmental effects at genome-wide level giving new insights into the genetic architecture of quantitative variation.

Aim of the project. Current project aims to identify genomic regions that 1) affect survival in natural environment; 2) influence the size and growth in natural and controlled hatchery environments.

Acquired bioinformatic/molecular/statistical methods. The project represents a good opportunity for in-depth study of genetics and ecology of salmonid fishes. The student has opportunity to participate field-work during spring-summer 2009. The first part of the project consists of various laboratory work, including molecular genetic analyses of microsatellite and insertion/deletion markers. The statistical analyses part includes quantitative trait locus (QTL) mapping as well as segregation distortion mapping to identify genomic regions that affect survival and phenotypic variation.

4. Molecular genetic and phenotypic analyses of fisheries-induced evolution of perch in the Baltic Sea 

Short introduction. It is increasingly recognized that modern fishing results in substantial changes of mortality patterns and as a result, evolutionary responses of stocks are inevitable. These changes are not slow – it has been demonstrated that significant evolution can occur within 10 or 20 years (e.g. Fig. 1). Such evolutionary changes can in theory reduce genetic variability and fitness of local populations, and once evolutionary changes have occurred, they may be very difficult to reverse (for further information see recent review by Kuparinen & Merilä 2007). However, life-history evolution has traditionally been studied only at phenotypic level and there is no empirical evidence that modern fishing indeed results in reduced genetic variability in widely distributed fish species.

Aim of the project. Current project aims study fisheries-induced evolution at both phenotypic and molecular level to further understand the causes of temporal phenotypic change in Eurasian perch (Perca fluviatilis; Suomeksi: ahven) in the Baltic Sea.

Acquired bioinformatic/molecular/statistical methods. The project represents an ideal opportunity for in-depth study of ecology, evolution, and genetics. The first part of the project includes bioinformatic data mining of all publicly available gene sequences (expressed sequence tags) and development of variable microsatellite markers for subsequent molecular genetic analyses. The second part of the project involves population genetic analyses of temporal samples collected over the last twenty years in collaboration with Estonian Marine Institute. The final part of the project deals with the analyses of life-history data using probabilistic reaction norms.

Requirements for projects 1-4. I am looking for a highly motivated graduate student who is able to work as part of a research group (http://users.utu.fi/primmer/) as well as independently. Candidates should have a strong background/interest at least in two following fields: bioinformatics, computer science, genomics and evolution. Prior research experience with bioinformatics analyses is preferred but not required.

Contact. For more information please contact Anti Vasemägi, email: anti.vasemagi@utu.fi ; homepage: http://users.utu.fi/antvas/; Division of Genetics and Physiology, Department of Biology (Vesilinnantie 5), 20014 University of Turku.

 

MOLEKULAARINEN KASVIBIOLOGIA

  • fnr-geeniperhe: isoentsyymien toimintamekanismit lituruohon kloroplastissa
    FNR-entsyymi (ferredoksiini-NADP-oksidoreduktaasi) toimii linkkinä fotosynteesin valo- ja pimeäreaktioden välillä. FNR-proteiinia koodaa pieni tumassa sijaitseva geeniperhe. Tutkimme eri FNR-isoentsyymien toimintaa Arabidopsis thalianan kloroplastissa käyttäen monipuolisesti DNA-, RNA- ja proteomiikkatekniikoita sekä fysiologisia mittausmenetelmiä. Gradun voi tehdä sekä opettaja- että tutkijalinjalla, ja lopullinen tutkimussuunnitelma voidaan muokata oman kiinnostuksesi mukaisesti.
    Paula Mulo (pmulo@utu.fi)
  • RNA-polymeraasin eri sigma-tekijöiden roolit Synechocystis-syanobakteerilla
    Sigma-tekijä on RNA-polymeraasin osa, jolla on keskeinen rooli geenin promootterin tunnistuksessa ja transkription aloituksessa. SigA (ryhmän 1 σ-tekijä) on täysin välttämätön, mutta sitä rakenteeltaan muistuttavat SigB, SigC, SigD ja SigE (ryhmän 2 σ-tekijät) voidaan tehdä toimintakyvyttömiksi ilman että solu kuolee. Olemme valmistaneet inaktivaatiokantoja, joista yksi, kaksi tai kolme ryhmän 2 σ-tekijää on poistettu yhtäaikaisesti. Kanta, jossa kaikki neljä tekijää on poistettu yhtäaikaisesti, on valinnassa. Gradussa olisi tarkoitus tutkia näiden kantojen kykyä selvitä eri stressiolosuhteissa sekä mitata solujen elintoimintojen muutoksia. Lisäksi on tarkoitus tutkia, miten kolmen σ-tekijän inaktivointi vaikuttaa muiden σ-tekijöiden geenien ilmenemiseen ja RNA-polymeraasiin kiinnittymiseen. Tutkimme myös millaisia transkriptomin muutoksia inaktivaatiokannoilla on tapahtunut. Vaihtoehtoja lopullisen gradun koejärjestelyiksi on paljon ja aihe soveltuu hyvin sekä tutkijalinjan että opettajalinjan graduksi. Lisäksi on mahdollista myös valmistaa uusia syanobakteerimutanttikantoja.
    Taina Tyystjärvi
  • Biofysikaalinen fotosynteesitutkimus
    Fotosynteesin valoreaktiot keräävät auringonvalon energiaa ja muuttavat sen kemialliseen muotoon. Tutkimuskohteemme on valoreaktio II, joka hajottaa valoenergian avulla vesimolekyylejä hapeksi ja protoneiksi. Valo on valoreaktio II:lle yhtä aikaa energianlähde ja vaurion aiheuttaja. Tutkimme vaurioitumisen mekanismia ja reaktiivisten happilajien osuutta vaurioitumisprosessissa. Aiheesta kiinnostuneen graduntekijän tehtävänä olisi tutkia RT-PCR-menetelmän ja fotoinhibitiomittausten avulla, indusoiko fotoinhibition tuottama reaktiivinen singlettihappi geeniä, jonka ilmenemisen voimakkuus riippuu singlettihapen pitoisuudesta solussa. Tutkimme myös valoreaktio II:n elektroninsiirtoketjun reaktioita. Biofysikaalisesta tutkimuksesta kiinnostunut graduntekijä saisi selvittää, miten viritysenergian siirtyminen valoreaktio II  yksiköiden välillä vaikuttaa termoluminesenssiin ja viivästyneeseen luminesenssiin.
    Esa Tyystjärvi
  • Bakteerigenomien oligonukleotidifrekvenssit
    Olemme kehittäneet uuden menetelmän DNA:n oligonukleotidikoostumuksen analysoimiseksi. Menetelmän avulla voidaan mm. luokitella DNA-jaksoja (genomeja, plasmideja, ympäristönäytteistä sekvensoituja jaksoja) sen mukaan, minkä eliön genomia jakson DNA:n frekvenssit eniten muistuttavat. Graduntekijän tehtävänä olisi soveltaa menetelmää ympäristönäytteiden metagenomiaineistojen tutkimiseen.
    Esa Tyystjärvi
  • Suunnattu evoluutio
    Fotosynteesi on uusiutuva energianlähde, ja tehokkain tapa käyttää fotosynteesin valoreaktioita polttoaineen tuottamiseen olisi antaa fotosynteesin erottaa vedestä happi ja antaa protonien pelkistyä vedyksi. Syanobakteerien fotosynteesin sivutuotteena syntyykin vähän vetyä, mutta fotosynteesin tuottama happi inhiboi reaktiota katalysoivaa hydrogenaasientsyymiä. Graduntekijän tehtävänä olisi testata, saadaanko hydrogenaasi kehittymään paremmin happea kestäväksi kasvattamalla syanobakteereja vedyn tuottoa suosivassa valintapaineessa.
    Esa Tyystjärvi

 

13.03.2013 14:34 Matti Ketola