Evoluutiobiologian Sovelluskeskus
Fragmentti- Sekvenssianalyysipalvelut
Tarjoamme osaavaa DNA:n sekvenssi- ja fragmenttianalyysipalvelua. Pyrimme olemaan edullinen ja luotettava palveluntuottaja, jonka erilaisista sovelluksista ja palvelukokoonpanoista löytää jokainen asiakas itselleen sopivan.
Fragmenttianalyysissä selvitetään fluoresoivalla primerilla monistettujen DNA-fragmenttien tarkkoja kokoja, käyttäen esimerkiksi mikrosatelliitteja, AFLP-analyysia, tai SNP-analyysia. Jokainen näyte ajetaan yhdessä kokostandardin kanssa. Näytteet analysoidaan ABI PRISM® 3130xl Genetic Analyzer 16 kapillaarisella -analyysitilaitteella.
Eri analyysimenetelmien soveltuvuudesta ja leimattujen alukkeiden hankinnasta voit kysyä lisätietoja keskuksen henkilökunnalta.
Fragmenttianalyysiin tarvitaan:
- 10 mikrolitraa FAM-, VIC-, NED-, tai PET-leimattua PCR-tuotetta/reaktio.
- Kokostandardina käytetään GeneScan LIZ 500 tai LIZ 600 standardia. Kokostandardi toimitetaan sovelluskeskuksen toimesta.
- Hi-Di Formamide toimitetaan sovelluskeskuksen toimesta.
Laitteistossamme voidaan käyttää myös FAM-, HEX-, ja NED-leimattuja alukkeita, jolloin kokostandardina tulee olla ROX-leima. Tiedustele vaihtoehtoisen filtterisetin käytöstä erikseen.
Alukkeista, tulosten tarkastelu-ohjelmistoista ja muista teknisistä sekä kemiallisista ohjeista löydät lisätietoa myös Applied Biosystemsin kotisivuilta.
Fragmenttianalyysin hinnat:
Biologian laitoksen sisäiset työt, TEGlabin käyttäjät ja määrällisesti suuria tilauksia tekevät ovat oikeutettuja alennettuihin hintoihin. Ota yhteyttä!
Sekvenssiajojen hinnat:
Biologian laitoksen sisäiset työt, TEGlabin käyttäjät sekä määrällisesti suuria tilauksia tekevät ovat oikeutettuja alennettuihin hintoihin. Ota yhteyttä!
- Voimme myös erikoistapauksissa hoitaa PCR-reaktiot ja sekvenssien puhdistuksen, eli tällöin teemme myös esivalmistelun asiakkaan puolesta. Jos sinulla on suuri määrä näytteitä, pyydä tarjous keskuksesta.
- Yleisesti ottaen asiakkaan kannattaa itse tehdä sekvenssireaktiot omalla PCR-laitteellaan sekä puhdistaa näytteet, jolloin sovelluskeskukselle jää ainoastaan näytteiden sekvenssianalyysi ABI 3130xl-sekvensointilaitteella. Tämä tulee asiakkaalle edullisemmaksi.
Yleisiä ohjeita sekä fragmentti- että sekvensointinäytteiden toimittamiseen:
Jotta reaktiot ehditään valmistaa ja tulosten lähettäminen sujuisi kitkattomasti, tulee näytteet ja niiden tiedot toimittaa 2 vuorokautta aikaisemmin Evoluutiobiologian sovelluskeskukseen (Itäinen Pitkäkatu 4, Pharmacity, 20014 Turun Yliopisto). Näytteet voi toimittaa postitse tai tuoda itse paikan päälle.
Tulokset lähetetään sovitussa muodossa analyysipäivää seuraavana päivänä. Laitteistomme tuottavia fragmenttianalyysin tiedostoja voi tarkastella esim. PeakScanner –ohjelmalla (free ware). SeqScape-ohjelma toimii sekvenssitiedostoille. Halutessanne voimme myös suorittaa tai avustaa tulosten analysoinnissa. Käytössämme on GeneMapper 4.0 analyysiohjelma, joka on edellämainittua PeakScanner-ohjelmaa tasokkaampi ja suunniteltu juuri käyttämällemme analyysilaitteelle. Ota yhteyttä keskukseen, niin voimme tarkastella projektianne tarkemmin ja sopia analysointitoimenpiteistä.
Tiedustelut ja varaukset mieluiten sähköpostitse Tatjana Saariselle. E-mail: cea-at-utu.fi.
yhteystiedot:
Evoluutiobiologian sovelluskeskus – Fragmentti- ja Sekvenssianalyysit
Itäinen Pitkäkatu 4, Pharmacity, 7 krs., A-rappu (ovi auki 8-16)
Fragmentti- sekvenssiajot: Tatjaana Saarinen: 02-333 5548,cea-at-utu.fi
Hinnoittelu ja laboratorion toiminta: Ville Aukee: 02-3337083, cea-at-utu.fi